Năm 1990, Công ty TNHH Nhà nước MTV Yến sào Khánh Hòa chính thức được thành lập theo Quyết định số 1352/QĐ-UB ngày 09/11/1990, là Doanh nghiệp Nhà nước trực thuộc UBND tỉnh, khẳng định vai trò tiên phong trong ngành yến sào Việt Nam.

Công ty Yến sào Khánh Hòa được UBND tỉnh giao nhiệm vụ quản lý, bảo vệ, khai thác, chế biến nguồn tài nguyên Yến sào. Với truyền thống bề dày kinh nghiệm và những thành tựu nghiên cứu khoa học về phát triển quần thể chim yến, phát triển hang đảo yến mới, Công ty hiện đang quản lý 33 đảo yến với 173 hang yến và 26 đơn vị trực thuộc, Công ty cổ phần thành viên với hơn 5.500 lao động có trình độ và tay nghề cao. Công ty đã thực hiện nhiều giải pháp kỹ thuật đồng bộ tại các hang yến, nâng cao sản lượng và chất lượng yến sào đảo yến thiên nhiên Khánh Hòa, năm 2015 sản lượng đạt 3.401 kg, tăng hơn 1.200 kg so với năm 2001. Công ty đã phát huy thế mạnh của nhà khai thác trực tiếp nguồn tài nguyên yến sào đảo thiên nhiên, và trở thành đơn vị dẫn đầu cả nước và châu Á về sản lượng Yến sào thiên nhiên. Đồng thời, Công ty thực hiện liên kết hỗ trợ, khôi phục, phát triển các đảo yến, hang yến thiên nhiên tại các tỉnh duyên hải trải dài từ Quảng Bình đến Côn Đảo, vực dậy tiềm năng phát triển các hang đảo yến ở Khánh Hòa và trên toàn quốc.

Trước đây, yến sào chủ yếu được khai thác và xuất bán thô với các loại: yến huyết, yến hồng, yến quang, yến thiên, yến bài, yến địa và yến vụn. Với ước mơ phổ biến hóa giá trị dinh dưỡng của yến sào đến với cộng đồng, năm 2002, Công ty đã thành lập Xưởng Chế biến nguyên liệu yến sào sản xuất các sản phẩm yến tinh chế đầu tiên với dạng hộp trọng lượng 3g, 5g, yến nguyên tổ thành phẩm 20g tiện dụng cho người tiêu dùng. Năm 2009, Xưởng chế biến yến sào đã đưa ra dòng sản phẩm mới: yến đảo tinh chế hộp 50g, 100g; yến thành phẩm nguyên tổ 50g, 100g. Đến năm 2012, Công ty đưa ra thị trường dòng sản phẩm yến tinh chế dành cho người ăn kiêng hộp 3g, 5g; đáp ứng nhu cầu thị trường.

Thực hiện chiến lược đa dạng hóa sản phẩm, phổ biến hóa giá trị bổ dưỡng của Yến sào đảo thiên nhiên đến cộng đồng, năm 2002 Công ty Yến sào Khánh Hòa khởi công xây dựng Nhà máy NGKCC Yến sào đầu tiên tại xã Suối Hiệp, huyện Diên Khánh với thiết kế ban đầu là 5 triệu sản phẩm/năm. Việc xây dựng Nhà máy là một bước tiến rất quan trọng, đáp ứng nhu cầu thị trường. Các sản phẩm được chế biến từ Yến sào đảo thiên nhiên bổ dưỡng mang thương hiệu Sanest dần dần đến với người tiêu dùng trên cả nước. Uy tín thương hiệu Sanest Khánh Hòa ngày càng được khẳng định khi sản phẩm nước Yến lọ cao cấp Sanest được xuất khẩu sang thị trường Đài Loan, Hồng Kông, Trung Quốc năm 2005, năm 2010 xuất khẩu sản phẩm sang thị trường Mỹ, năm 2011 mở chi nhánh tại Lào, Campuchia và các nước Asean.

Với nhu cầu tiêu thụ ngày càng tăng của thị trường, năm 2011, Công ty Yến sào Khánh Hòa khởi công xây dựng Nhà máy Nước giải khát cao cấp Yến sào thứ hai tại xã Cam Thịnh Đông, thành phố Cam Ranh, tỉnh Khánh Hòa (nay là xã Nam Cam Ranh) trên mặt bằng rộng 50.000 m2 và các công trình kiến trúc quy mô lớn.

Sau hơn 01 năm xây dựng, Nhà máy được thành lập ngày 06/6/2012 theo Quyết định số 581/QĐ-YS của Tổng Giám đốc Công ty Yến sào Khánh Hòa. Đến ngày 25/8/2012, Nhà máy được khánh thành, chính thức đưa vào hoạt động. Đây là một trong những Nhà máy hiện đại, mang tầm cỡ khu vực Đông Nam Á trong lĩnh vực sản xuất nước Yến sào với công suất thiết kế 15.000 sản phẩm/giờ (hiện nay đã được đầu tư, nâng cấp lên 50.000 sản phẩm/giờ). Nhà máy được đầu tư với dây chuyền thiết bị mới hoàn toàn tự động, đồng bộ, hiện đại được nhập khẩu trực tiếp từ châu Âu với tính năng công nghệ tiên tiến, thuộc thế hệ mới nhất.